Происходил из известного рода Аврелиев, брат двух консулов — Гая Аврелия Котты и Луция Аврелия Котты и сводный брат матери Цезаря Аврелии Котты. Около 80 до н. э. Котта командовал флотом в войне против Сертория, но был разбит у Менарии. В 74 до н. э. Котта был консулом вместе с Луцием Лицинием Лукуллом. Во время их консулата началась Третья Митридатова война, предлогом к которой стали споры вокруг завещания Никомеда IV Филопатора, по которому его царство переходило к Риму.
Командующим армией для ведения войны с Митридатом был определён Лукулл, пустивший в ход для получения командования подкуп и закулисные интриги. Котта также был назначен полководцем, но ему досталось руководство флотом. Предполагалось, что Котта будет защищать Вифинию и регион Мраморного моря (Пропонтиду).
В то время как Лукулл вёл успешные сражения с Митридатом, Котта попытался воспользоваться сложившейся ситуацией и проявить и себя как полководца, хотя Аппиан называет его слабым в военном деле человеком. Его неосмотрительность и стремление во что бы то ни стало получить триумф привели к полному поражению римлян: по сведениям Плутарха, Котта был разбит на суше и на море в один и тот же день, потерял 4 000 солдат и 60 кораблей, а также был осаждён в Халкедоне Митридатом. Лукулл, который имел возможность вторгнуться в незащищённое Понтийское царство, вместо этого предпочёл освободить Котту из осаждённого города, что и было им осуществлено. Позднее Котта управлял Гераклеей Понтийской.
Около 67 до н. э. народный трибун Гай Папирий Карбон привлёк Котту к суду по обвинению в присвоении денег в Гераклее. По решению суда Котта был выведен из сената.
