Происходил из дворян Киевской губернии, старший сын Киевского губернатора П. П. Панкратьева, родился в сентябре 1788 года в Москве; воспитание и образование получил дома.
В 1807 году Панкратьев поступил волонтером в действующую против Турции армию и в том же году 7 и 11 июня участвовал при сожжении и взятии турецких судов при Платане и при атаке Трапезунда. Вслед за тем он был назначен адъютантом в милицию 6-й области, а в начале следующего года (4 февраля) был произведён в прапорщики с определением в 29-й егерский полк. В рядах этого полка Панкратьев участвовал в 1809 году при осаде Браилова и в неудачном штурме 20 апреля этой крепости. В 1810 году, уже в чине поручика, он был назначен адъютантом к генералу от инфантерии М. И. Голенищеву-Кутузову, впоследствии фельдмаршалу.
В следующем году Панкратьев участвовал в сражениях под Рущуком, при поражении армии верховного визиря (20 и 22 июня), а с 28 августа по 3 октября в разных делах против турок на левом берегу Дуная и за храбрость, оказанную им во всех этих делах, был переведён тем же чином в лейб-гвардии Егерский полк (18 июля 1811 года) и удостоился получить орден св. Владимира 4-й степени с бантом.
В Отечественную войну 1812 года, состоя адъютантом при главнокомандующем князе Кутузове-Смоленском, Панкратьев участвовал во многих арьергардных делах при отступлении нашей армии. 26 августа он сражался в Бородинском бою и за отличие, оказанное им в этом сражении, был награждён орденом св. Анны 2-й степени.
Затем он вошел в состав партизанского отряда полковника князя Кудашева и участвовал во многих делах с неприятелем. Так, 27 сентября он находился при поражении французских фуражиров у селения Никольского, а 2 октября, командуя донским казачьим полком Жирова, при разбитии восьми эскадронов французских кирасир у села Шарапова.
4 октября, командуя двумя сотнями казаков, Панкратьев разбил при селении Клевине саксонских кирасир и роту польской пехоты, причём захватил в плен более 50 человек, а 13 октября при Боровске в сражении с войсками маршала Нея взял в плен более 500 человек.
Вскоре после этого Панкратьев вернулся к прежней своей должности адъютанта при фельдмаршале князе Кутузове-Смоленском и участвовал в четырёхдневном сражении при Красном (3—6 ноября).
За отличие, оказанное им в партизанских делах, Панкратьев был награждён золотой шпагой с надписью «За храбрость» и алмазными знаками к ордену св. Анны 2-й степени.
После смерти фельдмаршала князя Кутузова он вернулся обратно лейб-гвардии в Егерский полк, участвовал с ним в весеннем походе 1813 года в Германию и находился в сражении под Бауценом и в других делах до заключения Рейхенбахского перемирия.
Произведённый весной того же года в штабс-капитаны, Панкратьев участвовал 4 августа, в составе корпуса генерала барона Винцингероде, в кавалерийской экспедиции к Бельцигу, а 25 августа находился в сражении при Денневице. Вслед за тем (23 сентября) он был произведён в капитаны, а 5, 6 и 7 октября участвовал в сражении под Лейпцигом и за отличие, им оказанное, был произведён в полковники, получив, таким образом, в продолжение одного года три чина. 13 декабря 1813 года пожалован званием флигель-адъютанта.
С ноября месяца до начала 1814 и года Панкратьев исправлял должность дежурного генерала в корпусе барона Винцингероде и 2 и 19 февраля (под непосредственным начальством генерала Чернышёва) участвовал при взятии штурмом Суассона. Затем, 22 февраля он находился в авангардном деле при Краоне, 25-го — в сражении при Лаоне и 6 марта — при вторичном взятии Реймса.
