Вступил в Эритрейский фронт освобождения в 1967 году. С 1987 года генеральный секретарь Народного фронта за освобождение Эритреи (НФОЭ). Возглавлял вооружённую борьбу за независимость Эритреи от Эфиопии против правительственных сил Хайле Селассие и затем Менгисту Хайле Мариама. В 1991 году после свержения Мариама Эритрея фактически получила независимость, а в 1993 по итогам референдума — официально.
По итогам того же референдума Афеворки стал главой нового государства. Вскоре была избрана конституционная ассамблея, принявшая в 1997 году конституцию страны, но до сих пор выполняющая функции парламента. В стране не проводятся выборы. Первоначально дружественные отношения с новым эфиопским правительством Мелеса Зенауи были нарушены в 1998, и между странами началась кровопролитная война, продолжавшаяся до 2000.
