Мэтью Стюарт был сыном Джона, 3-го графа Леннокса, погибшего в 1526 г. при попытке освобождения короля Якова V, удерживаемого в заточении графом Ангусом.
Юный Мэтью воспитывался во Франции и вернулся в Шотландию только после смерти короля Якова V в 1543 г. Французский королевский двор планировал использовать Леннокса для усиления профранцузской партии в Шотландии, которую в то время возглавляли вдовствующая королева Мария де Гиз и кардинал Битон. Однако, будучи вторым в списке наследников малолетней королевы Марии Стюарт после регента страны Джеймса Гамильтона, графа Аррана (Леннокс приходился правнуком принцессе Марии, дочери короля Якова II), Леннокс имел собственные планы на будущее. После перехода регента на сторону Франции в конце 1543 г. Мэтью Стюарт присоединился к проанглийской партии графа Ангуса и поднял восстание в западных регионах страны. Используя оружие и денежные средства, присланные ему королем Франции, который не знал о перемене в позициях Леннокса, он захватил Глазго, но вскоре был вынужден капитулировать, осажденный правительственными войсками, и бежал в Англию.
В Англии Леннокс заключил в 1544 г. договор с королем Генрихом VIII, в соответствии с которым обязался завоевать западную Шотландию и передать Марию Стюарт английскому королю. За это Леннокс при поддержке англичан должен был получить пост регента Шотландии. Кроме того, Генрих VIII организовал брак Мэтью Стюарта с Маргаритой Дуглас, дочерью своей сестры Маргариты Тюдор, что в будущем давало возможность потомкам Леннокса претендовать на престол Англии. Возглавив английскую армию, Мэтью вторгся в Шотландию в середине 1544 г., но потерпел поражение и отступил. В следующем году Леннокс поднял мятеж горных кланов Западной Шотландии, что, однако, не привело к падению профранцузского правительства. Убийство кардинала Битона в 1546 г. позволило Ленноксу захватить замок Дамбартон, важнейшую крепость западной части страны, но войска Аррана вскоре вновь её отбили. В 1548 г. новое вторжение Леннокса захлебнулось под Дамфрисом. В результате полного краха своих военных начинаний Мэтью Стюарт был вынужден вернуться в Англию, где и провел почти двадцать лет. Тем временем владения Ленноксов в Шотландии были конфискованы за измену.
Новые возможности открылись перед графом после начала в 1561 г. самостоятельного правления Марии Стюарт в Шотландии. Королева, овдовевшая после смерти своего первого мужа, короля Франции Франциска II, искала новые варианты брака, чем и решил воспользоваться Леннокс. Его старший сын от брака с Маргаритой Дуглас, Генрих, лорд Дарнли, являлся потомком как королей Шотландии, так и королей Англии. В 1564 г. Леннокс возвратился в Шотландию и был восстановлен в правах и титулах. Вскоре за ним последовал и его сын Генрих. Мария Стюарт с первых дней знакомства увлеклась молодым Генрихом и, неожиданно для всех, 29 июля 1565 г. вышла за него замуж. Брак вызвал недовольство значительной части шотландских баронов, однако их выступления против королевы были решительно подавлены. Но этот брачный союз оказался несчастливым: Мария Стюарт быстро разочаровалась в своем посредственном супруге и вскоре влюбилась в яркого графа Ботвелла. Против лорда Дарнли сложился заговор, и 9 февраля 1567 г. он был убит.
Убийство сына, ответственность за которое народная молва возложила на королеву, вызвало переход Леннокса в оппозицию. Вместе с графом Мореем он возглавил движение шотландских баронов, направленное на свержение Марии Стюарт. 24 июля 1567 г. королева была низложена, а королем объявлен её малолетний сын Яков VI. Регентом Шотландии стал граф Морейский. Однако сторонники королевы во главе с герцогом де Шателеро и графом Хантли подняли восстание, в стране началась гражданская война. В начале 1570 г. Морей был убит приверженцем свергнутой Марии Стюарт. Новым регентом Шотландии при поддержке английской королевы Елизаветы I стал граф Леннокс.
Назначение Леннокса регентом только усугубило противоречия внутри шотландской знати. Усилившаяся «партия королевы» захватила Эдинбург и изгнала сторонников регента из северо-восточной и западной Шотландии. В ответ Леннокс сумел захватить Дамбартона и примириться с Аргайлом и рядом других мятежников, что позволило переломить ход гражданской войны. Но граф Леннокс не дожил до её окончания: 3 сентября 1571 г. в резиденцию регента в Стерлинге ворвались сторонники Марии Стюарт и убили его.
