Чарльз Стюарт был младшим сыном Мэтью, 4-го графа Леннокса и регента Шотландии в 1570—1571 гг., и Маргариты Дуглас, внучки английского короля Генриха VII. После убийства отца в 1571 г. графство Леннокс должно было перейти к королю Якову VI, сыну старшего брата Чарльза, однако королю было всего пять лет, и по решению нового регента Джона Эрскина графство было передано Чарльзу Стюарту.
Граф Леннокс не принимал активного участия в гражданских войнах в Шотландии в 1570—1573 гг. и часто бывал в Англии, где у него имелись родовые владения. Во время одного из таких визитов Чарльз неожиданно женился в 1574 году на Элизабет Кавендиш, дочери графини Шрусбери, под чьей опекой содержалась в английском плену бывшая королева Шотландии Мария Стюарт. Этот брак, будучи заключенным без согласия королевы Англии Елизаветы I, вызвал гнев последней: она не могла допустить свободных браков между претендентами на английский престо (Леннокс был правнуком Генриха VII). Мать Чарльза Стюарта, Маргарита Дуглас, была брошена в Тауэр. В 1576 году граф Леннокс скончался, оставив единственного ребенка от брака с Элизабет Кавендиш — Арабеллу Стюарт, которая после смерти Елизаветы I будет оспаривать английский престол у короля Якова I.
