Активно занимался миссионерской деятельностью, в частности, проповедью православия мусульманам. За свои высказывания об исламе подвергался критике с их стороны. Был убит неустановленным лицом в храме, при исполнении священнослужебных обязанностей. Многие православные христиане считают кончину отца Даниила мученичеством.
Биография
По собственным словам, «наполовину русский, наполовину татарин». Вырос в семье советских диссидентов. Отец — священник Алексей Николаевич Сысоев, настоятель храма апостола Иоанна Богослова при Православной классической гимназии «Ясенево» и клирик храма Петра и Павла в Ясеневе. Мать — Анна Мидхатовна Амирова; преподает в той же гимназии «Закон Божий»
Летом 1988 года участвовал в восстановительных работах в возрождающейся Оптиной пустыни, где познакомился с будущим иеромонахом Василием (Росляковым) (18 апреля 1993 года убитым вместе с иноками Оптиной Пустыни Трофимом и Ферапонтом). В 1991 году поступил в Московскую духовную семинарию с характеристикой и рекомендацией выданной священником Артемием Владимировым (которому во многом старался подражать). В Семинарии нёс послушание певца и уставщика смешанного хора Регентской школы.
Еще в юном возрасте, учась в Московской духовной семинарии, он был проникнут горячим убеждением, что только Православие содержит спасительную истину. Обладая прекрасными способностями, он уже в студенческие годы знал церковные каноны и горячо спорил со студентами и преподавателями, когда они допускали малейшие компромиссы. Людям, не чуждым равнодушия к успехам своей религии, это казалось странным, кто-то даже соблазнялся.
В 1994 году епископом Магаданским Ростиславом (Девятовым) посвящён в чтеца.
В этом же году женился на Юлии Михайловне Брыкиной, дочери известного бизнесмена Михаила Брыкина.
В 1995 году окончил Московскую духовную семинарию. В 1995 году рукоположён в священный сан диакона.
В этом же году поступил в Московскую духовную академию, продолжив образование на заочном секторе обучения.
Диаконское служение проходил в Храме Успения Пресвятой Богородицы в Гончарах (Болгарское подворье). Не терпя никаких компромиссов в соблюдении устава и никакой церковной икономии, к сожалению, был в конфликтных отношениях с настоятелем храма архимандритом Борисом (Добревым) (ныне епископ Агатонийский, Болгарской Православной Церкви).
В 2000 году окончил Московскую духовную академию с присвоением степени Кандидат богословия. Тема защищенной диссертации: «Антропология Адвентистов 7 дня и Общества Сторожевой Башни и ее анализ».
В январе 2001 года рукоположён в священный сан иерея, и назначен клириком храма Петра и Павла в Ясеневе, при настоятеле игумене Мелхиседеке (Артюхине).
В 2003 году организовал самостоятельную приходскую общину в районе м. Кантемировская, и получив в ноябре 2003 года, благословение Святейшего Патриарха Алексия II приступил к организации строительства нового храма в честь пророка Даниила (своего небесного покровителя) на территории Южного административного округа города Москвы. В ноябре 2006 года был возведен временный деревянный храм, престол которого освящен в честь апостола Фомы.
При храме апостола Фомы, где настоятельствовал, развивалось миссионерское движение, включавшее в себя курсы подготовки православных «уличных миссионеров», задачей которых стало привлечение людей к православному вероучению посредством обращения к прохожим на улице.
19 ноября 2009 года был смертельно ранен в храме апостола Фомы двумя выстрелами из пистолета (по другим данным, выстрелов было четыре). Убийце, бывшему в маске, удалось скрыться. Скончался на операционном столе в 0:15 20 ноября того же года.
Отпевание о. Даниила Сысоева 23 ноября 2009 года в храме Петра и Павла в Ясеневе возглавил архиепископ Арсений (Епифанов); по окончании отпевания Патриарх Кирилл cовершил у гроба почившего заупокойную литию. В своём слове Патриарх Кирилл, в частности, сказал: «Отец Даниил много сделал для утверждения Божией правды <…> Но, наверное, самое сильное слово, которое он произнес, — это то, свидетелями которому мы являемся сегодня. Если человека убивают за Божию правду, это значит, что правда сия разит людей, её неприемлевших, обладает огромной силой.»