Семья
Родился в селе Наруксово Нижегородской губернии. Его отец, Василий Федорович — местный благочинный, протоиерей, награжденный редкой для священников наградой — палицей (1916), а также орденом Св. Владимира 4 ст. (1912). Мать — Лидия Андреевна. В семье было девять сыновей и две дочери.
Образование
Окончил Нижегородскую духовную семинарию, обучался в Московской духовной академии, которую окончил в 1896 году со званием кандидата богословия. В 1896—1897 годы был профессорским стипендиатом академии. Магистр богословия (1901; диссертация: «Единство книги пророка Исайи»).
Монашество и преподавательская деятельность
Принял монашество под влиянием известного церковного деятеля, будущего митрополита Антония (Храповицкого), который был инспектором академии во время обучения в ней Ивана Успенского.
В августе 1897 года был пострижен в монашество с наречением ему имени Фаддей и рукоположен в сан иеродиакона.
С 21 сентября 1897 года — иеромонах, преподаватель логики, философии и дидактики Смоленской духовной семинарии.
19 ноября 1898 года переведён на должность инспектора Минской духовной семинарии с исправлением обязанностей преподавателя Священного Писания.
С 1900 года — преподаватель основного догматического и нравственного богословия в Уфимской духовной семинарии.
15 марта 1902 года возведён в сан архимандрита и назначен на должность инспектора Уфимской духовной семинарии. В этот период он издаёт «Записки по дидактике» — свой основной труд по церковной педагогике и воспитанию.
С 8 сентября 1902 года — ректор Олонецкой духовной семинарии.
Архиерей на Волыни
21 декабря 1908 года хиротонисан во епископа Владимиро-Волынского, первого викария Волынской епархии. Став епископом, он не изменил взятому на себя монашескому подвигу, сурово постился и много молился.
В сентябре 1916 был переведён на Владикавказскую кафедру управляющим епархией на время болезни епископа Владикавказского Антонина (Грановского). 28 января 1917 вернулся к исполнению обязанностей епископа Владимиро-Волынского.
В 1919 году, после того, как правящий Волынский архиерей архиепископ Евлогий (Георгиевский) вынужден был оставить свою кафедру и уехать за границу, епископ Фаддей стал исполнять его обязанности. В период существования Украинской народной республики отказался вступать в переписку с её представителями на украинском языке, несмотря на угрозы высылки с Украины.
В ноябре 1921 году епископ Фаддей был арестован в Житомире большевиками по обвинению в участии в повстанческом движении на Волыни. Верующие просили освободить его из тюрьмы: «Епископ Фаддей много лет известен в городе Житомире, где нет храма, в котором бы он не богослужил и не проповедовал. Нам известна и его личная жизнь как молитвенника и пастыря. Никогда епископ Фаддей не вмешивался в политику, ничего не предпринимал против советской власти, ни к чему противозаконному никого и никогда не призывал».
Владыку перевезли в Харьков, где после допроса местная ВУЧКа постановила: «… выслать епископа Фаддея в распоряжение Патриарха Тихона с правом жительства только в одной из центральных северных губерний РСФСР и Западной Сибири со взятием подписки о регистрации в органах ЧК…». 9 марта 1922 он был освобожден из харьковской тюрьмы и на следующий день выехал в Москву.
Астраханский архиепископ
По прибытии в Москву и беседы с Патриархом Тихоном 13 марта 1922 состоялось его назначение на Астраханскую кафедру, с возведением его в сан архиепископа. Но выехать в Астрахань и приступить к своим архипастырским обязанностям на этой кафедре владыке Фаддею удалось лишь в декабре 1923.