Учился в Славяно-греко-латинской академии, где с 1768 был префектом, а в 1769 стал её ректором. Пробыл ректором до 1774. После ухода из академии, с 1774 года — архимандрит Донского монастыря. Хиротонисан во епископа Переславского 18 сентября 1776 года, а 6 мая 1788 года во епископа Коломенского.
Главный труд епископа Феофилакта — «Гармония и толкование на всё Священное Писание». По мнению Тареева, Феофилакт — один из основателей собственно отечественной традиции религиозно-философской мысли. Наряду с Платоном (Левшиным) он стал выразителем метода анагогии, требующего синергического одухотворения «внешности красящегося слога», или буквы, что позднее дало повод некоторым авторам упрекнуть Феофилакта в компилятивности. Напротив, для Феофилакта характерно подчёркивание «сокровенности» своей мысли или духовного опыта.
