Второй сын императора Фердинанда I и его жены Анны Богемской и Венгерской.
По приказу своего отца в 1547 году он стал заниматься управлением Богемии. В 1556 вёл кампанию против турок в Австрии. После смерти отца в 1564 году, Фердинанд получил Тироль и Переднюю Австрию. Также, по желанию своего брата Максимилиана II он остался наместником в Праге до 1567 года. На своих землях Фердинанд убедился в введении католической контрреформации. Он был большим почитателем искусства. В настоящее время его коллекции находятся в Музее истории искусств в Вене.
В 1557 году он тайно женился на Филиппине Вельзер, дочери банкира из Аугсбурга, и имел от неё детей. Брак был узаконен императором в 1559 в условиях секретности. Их дети носили титул Австрийские, но были полностью исключены из линии наследования. Сыновья получили титул маркграфов Бургау, старинного владения Габсбургов в Передней Австрии. Дети:
- Андреас (1558—1600), кардинал, епископ, маркграф Бургау,
- Карл (1560—1627), князь Бургау,
- Филипп (1562—1563),
- Мария (1562—1563), сестра-близнец Филиппа.
После смерти Филиппины Фердинанд в 1582 году женился на своей племяннице Анне Катерине (1566—1621), дочери Вильгельма I, герцога Мантуи.
- Анна Элеонора (1583—1584),
- Мария (1584—1649), монахиня,
- Анна (1585—1618), супруга императора Маттиаса.
После смерти эрцгерцога Тироль был объединен с владениями Габсбургов, так как дети от первого брака были исключены из наследования, а во втором родились только дочери. Его младшая дочь вышла замуж за императора Маттиаса, который получил Переднюю Австрию.
