До избрания на московскую кафедру был игуменом Соловецкого монастыря, где проявил себя как способный руководитель. Из-за несогласия с политикой Ивана Грозного и открытого выступления против опричнины попал в опалу. Решением церковного собора лишён сана и отправлен в ссылку в тверской Отроч Успенский монастырь, где был убит Малютой Скуратовым.
В 1652 году по инициативе патриарха Никона мощи Филиппа были перенесены в Москву. Он был прославлен для всероссийского почитания как святитель Филипп Московский. Память совершается 9 января, 3 июля и 5 октября (по юлианскому календарю).
Жизнеописание
Мирская жизнь. 1507—1537 годы
Родился Фёдор 11 февраля 1507 года. Он принадлежал к младшей ветви боярского рода Колычёвых. Его отец Степан Иванович (по прозванию Стенстур, дядька младшего сына великого князя Василия III — угличского князя Юрия) готовил сына к государевой службе, мать Варвара (в иночестве Варсонофия) воспитывала его в духе христианского благочестия. Фёдор обучался грамоте по книгам Священного Писания, а также владению оружием, верховой езде и другим воинским навыкам. До 30 лет он находился при великокняжеском дворе Василия III, снискав симпатии молодого Ивана IV (по другой версии Фёдор был взят на службу в возрасте 26 лет уже после смерти великого князя Василия ко двору его сына Ивана, находившегося под опекой боярской комиссии).
В 1537 году родственники Фёдора встали на сторону старицкого князя Андрея Ивановича, поднявшего в Новгороде бунт против Елены Глинской. Род Колычевых подвергся опале: дядя Фёдора, Иван Умной-Колычев, попал в тюрьму, его троюродные братья Андрей Иванович и Гаврила Владимирович были биты кнутом и казнены. После этого Фёдор тайно покинул Москву.
Уход из Москвы мог быть вызван опасением за жизнь, но его житие (составленное в конце XVI века) придаёт бегству мотив религиозного прозрения:
К 30 годам Фёдор ещё не был женат. Это может свидетельствовать о том, что он и ранее имел склонность к монашеству, а сложная жизненная ситуация только ускорила принятие решения уйти от мира.
Соловецкий монастырь. 1538—1565 годы
Не попрощавшись с родными, в одежде простолюдина, Фёдор ушёл из Москвы и направился на север. Год он служил пастухом у крестьянина Субботы в деревне Хижи у Онежского озера. Затем перебрался на Соловецкие острова в Соловецкий монастырь, где был принят послушником. После полутора лет послушания игумен Алексий (Юренев) постриг его в монашество с именем Филипп. Духовным наставником Филиппа стал старец Иона Шамин, ученик преподобного Александра Свирского.
В 1548 году соловецкий игумен Алексий по старости сложил с себя сан, предложив монастырскому собору в качестве своего преемника Филиппа, который к этому времени прожил в монастыре около 8 лет. Решением собора Филипп был избран игуменом и возведён в сан новгородским архиепископом Феодосием. При нём монастырь следовал общежительному уставу. Филипп проявил себя как грамотный хозяйственный администратор: утроил сеть каналов между многочисленными озёрами на острове, поставил на них мельницы, на островах и в поморских вотчинах возвёл новые хозяйственные и промышленные сооружения, ввёл механические усовершенствования в монастырские промыслы. При нём Соловецкий монастырь стал промышленным и культурным центром Северного Поморья. Активно развивалось и церковное строительство: были построены Успенский и Преображенский соборы, Филипп завёл в монастыре колокола вместо бил и клепал, воздвиг для братии двух- и трёхэтажные кельи и больницу.