В 1598 году подписал избирательную грамоту на царство Бориса Годунова, но затем примкнул к враждебной Годунову партии Романовых, после разгрома которых он лишился части имущества и был отправлен главным воеводой в Тобольск. После появления Лжедмитрия был послан взять Кромы; осада шла безуспешно. После смерти Бориса Годунова в 1605 году перешёл на сторону самозванца, за что был пожалован в бояре. По всей вероятности, Шереметев ввёл в Москву войско, которое хотя не принимало участия в убийстве самозванца, тем не менее, могло помочь заговорщикам. После избрания на престол Василия Шуйского Шереметев служил ему честно. В 1607 году занял Астрахань, затем 24 октября 1607 года - Царицын и двинулся вверх по Волге, очищая её от врагов Шуйского. В начале 1610 года соединился с Михаилом Скопиным-Шуйским и освободил Москву. После смерти Скопина-Шуйского и низложения Шуйского Шереметев стоял в думе, вместе с патриархом Гермогеном, за русского кандидата, но позже высказался за королевича Владислава и, находясь в числе 7 бояр («Семибоярщина»), участвовал в посольстве с предложением короны Владиславу. Вместе с поляками выдержал осаду и вышел из Москвы только по освобождении её Дмитрием Пожарским. Самым активным образом способствовал избранию Михаила Фёдоровича на царство и возглавлял посольство земского собора в Кострому, сумевшее 14 марта 1613 года уговорить Михаила принять царский венец.
Участвовал во всех важных событиях царствования Михаила Фёдоровича, в первые годы правления которого, в 1613—1619, а затем в последние, в 1633—1646, он находился во главе московского правительства и был постоянным сторонником «воли всей земли», то есть Земского собора, в важных, решающих вопросах тогдашней внутренней и внешней политики Московского государства. В 1615 году ходил с войском освобождать от шведов Псков. В 1617 году участвовал в переговорах с Джоном Мериком. Принимал участие в посольских съездах под Москвой, закончившихся Деулинским перемирием; встречал освобождённого из плена митрополита Филарета Романова и провожал его в Москву. В 1634 году был одним из деятелей по заключению Поляновского договора.
В 1646 подал в отставку по старости. В 1649 году принял иноческий чин и назван был в постриге Феодосием. В начале 1650 года скончался.
Ранние годы
После смерти своих родителей он остался ребёнком: отец его, Иван Васильевич Меньшой Шереметев, был убит ливонцами в 1577 году, а мать Домна (в иночестве Евникия) Михайловна, урождённая Троекурова, умерла 10 (20) марта 1583 года. Во время малолетства Фёдора Ивановича, имениями его заведовала старшая его сестра Елена Ивановна, вдова сына Ивана Грозного, царевича Ивана Ивановича, принявшая иночество в Новодевичьем монастыре в Москве и именовавшаяся даже в официальных документах «царица старица Леонида». Жалуя сноху, царь Иван Грозный не оставлял без внимания её брата и, незадолго до кончины своей, разбирая вещи царевича Ивана Ивановича, подарил из этих вещей Фёдору Ивановичу Шереметеву «шапку скорлатну, низану жемчугом, с собольим околом».
Первое сведение о службе Шереметева относится к 1591 году, когда он получил золотой — в награду за деятельное участие в обороне Москвы от нападения крымского хана Казы-Гирея. Год спустя, 14 июня 1592 года он присутствовал на крестном обеде царевны Феодосии, дочери царя Фёдора Ивановича. Всем званым к столу указано было сидеть без мест, и дворянин Фёдор Иванович Шереметев «сидел в скамье» вместе с четырьмя Годуновыми, родственниками правителя, и со своим будущим тестем, Борисом Черкасским.
