Композиторское наследие Шмиттбаура охватывает все жанры музыки конца XVIII века. Его первая опера, «Необитаемый остров» (итал. L'isola disabitata; 1762, либретто Метастазио), обнаруживает влияние Николо Йоммелли, в других сочинениях чувствуется ориентация на мангеймскую школу. Некоторые произведения Шмиттбаура ошибочно приписывались Йозефу Гайдну.
Шмиттбаур занимался усовершенствованием стеклянной гармоники, значительно расширив доступный этому инструменту диапазон. Ученицей Шмиттбаура была наиболее известная исполнительница на стеклянной гармонике Марианна Кирхгесснер.
