Дата рождения вычисляется по его собственному упоминанию в «Известии…» о своём малолетстве (то есть возрасте до 14 лет) во время новгородского восстания 1650 года.
После низложения патриарха он содержался 11 дней в тайной канцелярии, 3 года в тюрьме и 10 лет в заточении в Новгороде. Освобождён, по просьбе царевны Татьяны, в 1682 году. Умер в 1693 году.
Иоанн написал «Известие о рождении и воспитании и о житии святейшего Никона патриарха московского и всея России, написанное клириком его Иоанном Шушериным», впервые напечатанную в 1784 году в Санкт-Петербурге под названием «Житие святейшего патриарха Никона, написанное некоторым бывшим при нем клириком». В своей работе Шушерин не только описал жизнь патриарха Никона, но и описал обряды богослужения того времени, а также дал характеристику монашеского быта в скитах и монастырях. Являлся одаренным ювелиром, создатель парадной митры патр. Никона. Был близок с царевной и в.к. Татианой Михайловной- старшей сестрой царя Алексея Михайловича.
