В 1456 году Варсанофий совершил первое паломничество в Иерусалим. Более известно второе путешествие монаха, которое заняло больше года. С 1461 по 1462 годы Варсанофий проделал путь из Киева в Константинополь, далее через острова Крит и Кипр добрался морем до египетского города Думьят, откуда по реке Нил достиг Каира. Монах пробыл в Каире 6 недель, после чего снова добрался до Иерусалима.
Рассказ Варсанофия о своём путешествии долгое время являлся источником сведений о Египте, содержал первое известное на Руси описание «златоструйного Нила», города Каира («старово Мисюря»), крокодила («лютого зверя»), финиковой пальмы и первое на Руси упоминание о Египетских пирамидах, которые Варсанофий согласно христианской традиции того времени называл житницами Иосифа («житницы Йосифа Прекраснаго за рекою за Нилом противу старово Мисюря»). Рассказ Варсанофия публиковался несколько раз, в последний раз в Санкт-Петербурге в 1896 году под названием «Хожение свящянноинока Варсанофия ко св. граду Иерусалиму в 1456, 1461 и 1462 гг.»
