О ранней его биографии сведений нет. Разные источники называют его диаконом или монахом. В 1511 году участвовал в плавании по Мексиканскому заливу, однако корабль затонул у берегов Юкатана. Спаслось около 20 человек, в том числе капитан Педро де Вальдивия, Агильяр и матрос Гонсало Герреро. Испанцы были захвачены правителем Канкуна, и их было решено принести в жертву. Агильяр с Герреро решились бежать, и были схвачены воинами другого государства, где стали рабами.
После высадки Кортеса в 1519 году испанские рабы были освобождены (об этом сообщает Когольюдо). Впрочем, Берналь Диас указывает, что к испанцам присоединился только Агильяр, в то время как Герреро вошёл в состав элиты индейского государства, и в дальнейшем боролся с конкистой.
Агильяр сопровождал Кортеса как переводчик, и, видимо, был учителем Малинче. О дальнейшей его судьбе ничего не известно. Умер он, по-видимому, в 1531 году в Пануко, место погребения неизвестно.
