Учился у Вольфганга Амадея Моцарта и Яна Кожелуха как пианист, у Иоганна Альбрехтсбергера как композитор. Был помощником дирижёра в оперном театре Эмануэля Шиканедера, в 1797 г. стал его музыкальным руководителем и оставался на этом посту до 1826 г. Зайфрид ассистировал при первой постановке «Волшебной флейты», позднее дирижировал премьерой оригинальной версии оперы Бетховена «Фиделио». К письму Зайфрида (написанному в 1840 г.) восходит легенда о том, что Моцарт, умирая, воображал представление «Волшебной флейты» и пение своей свояченицы Йозефы Хофер в роли Царицы Ночи. Зайфрид оставил ряд мемуарных сообщений и о Бетховене — в частности, о том, что во время премьеры Третьего фортепианного концерта партия солиста была ещё в значительной степени не записана композитором (Зайфрид переворачивал солировавшему Бетховену ноты, многие страницы которых были полупусты или помечены, как он выражается, «совершенно недоступными мне египетскими иероглифами»).
Зайфриду принадлежит целый ряд опер и оперетт, две симфонии, квартеты, концерты для фортепиано, духовные сочинения. Он также печатал статьи о музыке в венских газетах, а в 1817—1820 гг. возглавлял, вместе с братом, «Всеобщую музыкальную газету». Учениками Зайфрида были, в частности, Франц фон Зуппе и Генрих Вильгельм Эрнст.
