В молодости был главным певчим в провинциальной австрийской церкви. В 1787 г. перебрался в Вену и стал учеником Антонио Сальери. В последние месяцы жизни Вольфганга Амадея Моцарта значительно сблизился с ним: с Зюсмайером Моцарт обсуждал ход работы над своим «Реквиемом», и после смерти Моцарта Зюсмайер закончил работу над этим произведением (традиционно «Реквием» Моцарта исполняется именно с дополнениями и в редакции Зюсмайера, хотя в дальнейшем было предложено и несколько альтернативных редакций).
В 1794—1801 г. Зюсмайер был капельмейстером Венского оперного театра. Ему принадлежит около 25 опер — большей частью комических, но также и «Моисей, или Исход из Египта» (нем. Moses oder Der Auszug aus Aegypten; 1792), «Зеркало Аркадии» (нем. Der Spiegel von Arkadien; закончена в 1794) и др., а также церковная, симфоническая, камерная, вокальная музыка.
