Биография
Родился 8 июня 1962 года в г. Советская Гавань Хабаровского края. В 1982 году поступил в МДС (окончил её в 1986 году). В 1985 году принят в число братии Троице-Сергиевой лавры, 25 декабря пострижен в монашество.
25 февраля 1986 года рукоположен во иеродиакона и переведён в московский Данилов монастырь. 20 марта 1988 года рукоположен во иеромонаха. В 1990 году окончил Московскую Духовную академию и был направлен на служение в Хабаровскую епархию. С 1990 года настоятель прихода во имя блаженной Ксении Петербургской в г. Южно-Сахалинске. С 1991 года — благочинный приходов на Сахалинской области. С 1993 года настоятель прихода в честь Всех святых, в земле Российской просиявших, в пос. Южно-Курильске и благочинный Курильского округа. В 1994 году возведён в сан игумена, а позднее в архимандрита. В 1995—1997 гг. настоятель кафедрального Воскресенского собора в г. Южно-Сахалинске. С 1996 года — руководитель епархиального отдела по взаимодействию с Вооруженными Силами, с 1997 года ответственный за выпуск епархиальной газеты.
17 июля 1997 года решением Священного Синода архимандриту определили быть епископом Южно-Сахалинским и Курильским. 31 июля 1997 года в Троицком соборе Московского Свято-Данилова монастыря состоялось наречение Ионафана во епископа. 1 августа 1997 года в Троицком соборе московского Данилова монастыря хиротонисан во епископа Южно-Сахалинского и Курильского. С 29 декабря 1999 года по решению Священного Синода на Абаканской и Кызылской кафедре.
1 февраля 2010 года возведён в сан архиепископа патриархом Московским и всея Руси Кириллом "во внимание к усердному служению Церкви Божией".
