Особое внимание Канси уделял вопросам идеологии. Он всемерно укреплял позиции неоконфуцианства, в полном объёме восстановил экзаменационную систему и сеть конфуцианских учебных заведений, всячески привлекая ко двору авторитетных конфуцианских учёных. Даже маньчжурская знать была вынуждена давать своим детям конфуцианское образование. Канси проводил курс на сотрудничество с китайской чиновно-шэньшиской элитой, расширяя её участие в аппарате управления и укрепляя тем самым Цинскую империю как централизованное государство.
При всём том Канси проявлял известную веротерпимость. Пользуясь его расположением, иезуиты в 1692 году добились указа, разрешавшего обращать китайцев в христианство. Однако, склонные к религиозному синкретизму, китайцы-неофиты сочетали культы Христа и Конфуция с поклонением предкам. Миссионеры и Ватикан стали оказывать на Канси давление, в 1705 и 1720 годах потребовав от него запретить новообращённым сохранять китайские верования. Канси отклонил это вмешательство во внутренние дела империи, а встретив сопротивление — принял жёсткие меры: один из папских легатов умер в тюрьме, другой был выслан. Тем не менее, проповедь христианства не была запрещена.
Канси ставил своей целью разгром Джунгарского ханства и поставить Тибет в зависимость от маньчжурской империи Цин. Политическая обстановка в этих странах облегчала реализацию политики Пекина. В 1705—1710 годах в Тибете разгорелась вооружённая борьба за власть между хошутским правителем Лхавзан-ханом и тибетским регентом Сангье Гьяцо (Санчжай Чжамцо). Пытаясь установить своё влияние в Тибете, император поддержал хошутов. В Пекине хорошо понимали, что цинское господство в Монголии не может быть прочным без его религиозной поддержки из Лхасы, без благожелательного для маньчжуров воздействия Далай-лам на буддийскую церковь Монголии. Тем не менее, на данном этапе Канси стремился ослабить правителей Лхасы руками хошутов, чтобы впоследствии подчинить и тех, и других.
В Джунгарии после смерти Галдана ойратским ханом стал его племянник Цэван Рабдан. Он вновь объединил все четыре ойратских аймака, восстановив распавшееся было Джунгарское ханство. Будучи сторонником независимости, новый хан отклонил неоднократные предложения Канси стать «данником» богдыхана. Обе стороны активно готовились к новой схватке. Цэван Рабдан потребовал от Канси вернуть захваченные у Галдана земли к востоку и северу от Латая. В Пекине отвергли это требование. Со своей стороны, император настаивал на предоставлении самостоятельности каждому из четырёх княжеств-аймаков. Это значило фактически взорвать изнутри единство Ойратского государства и предельно ослабить центральную власть хана на фоне феодальной раздробленности. Естественный отказ Цэван Рабдана ускорил схватку. В 1715 году началась вторая война между Цинской империей и Джунгарским ханством, которая велась с переменным успехом, не давая явного перевеса ни одной из сторон.
Цэван Рабдан силами своего вассала Цэрэн Дондуба-старшего в 1717 году захватил Тибет. Воспользовавшись этим, Канси в 1720 году направил в Лхасу две колонны войск — из Сычуани и Цинхая — под командованием Гэрби и Янь Синя, конницу халхаских князей, а также поднял против ойратов тибетское ополчение из Кама. Потерпев поражение, ойраты ушли из Тибета, что усилило влияние Цинской империи в Центральной Азии. После разгрома и изгнания ойратов маньчжуры оставили в Лхасе двухтысячный монгольский гарнизон. Тибетское правительство до 1723 года оставалось в сильной зависимости от маньчжурского резидента.
Политика в отношении национальных меньшинств
Важным направлением внутренней политики Канси, а затем и его преемников, стало реальное покорение неханьских народностей Юго-Западного Китая. Канси начал длительную кампанию, направленную на фактическое включение этих народов в общеимперскую систему бюрократического контроля и налоговой эксплуатации, то есть превращение «данников» в обычных подданных. В 1704 году по приказу Канси в районах национальных меньшинств провинций Хунань, Гуйчжоу, Юньнань и Гуанси вместо традиционных наследственных чиновников из местных старейшин, князьков и племенных предподителей стала вводиться общекитайская чиновничья система.
Император Канси скончался в 1722 году, на шестьдесят восьмом году жизни. Вопреки всем ожиданиям императорского клана и к крайнему удивлению многочисленных сыновей императора, наследником был объявлен Иньчжэнь.