Неизвестно где принял монашество и поселился в Колесниковой пустыне ещё в царствование Михаила Фёдоровича. Необычайным постничеством он привлёк к себе толпы сожителей, которым внушал отдаляться от церкви и священников, поклоняться только старым иконам, а когда при патриархе Иосифе появились издания богослужебных книг с указаниями на то, что креститься следует не тремя, а двумя перстами, Капитон стал горячим сторонником этого мнения и открыто вступил в борьбу против православной иерархии, особенно после того, как переселился в Вязниковские леса, где собрал около себя ещё более многочисленное общество последователей.
Все усилия церковных и гражданских властей поймать его оказывались тщетными. По имени его долго все русские раскольники назывались капитанами (например, в послании Игнатия Тобольского, в «Увете духовном», в «Записках» Матвеева, Медведева и др.).
