Вырос при дворе своего дяди, Яна Карнковского, епископа Вроцлавского. В 1539 поступил в Краковскую Академию, затем в Падуе получил степень доктора «обоих прав» (то есть гражданского и канонического), учился также в Виттенберге. В 1555 году был назначен секретарём короля Сигизмунда Августа, с 1558 — коронным референдарием, а в 1563 стал великим секретарём коронным.
C 1567 служил в качестве епископа Куявского. Как первый епископ польский, выполняя решения Тридентского собора, 16 августа 1569 он основал первую в Речи Посполитой духовную семинарию (Влоцлавек). Активно боролся с протестантским влиянием в епархии и был сторонником более жёстких мер в отношении лютеранского Гданьска, благодаря чему стал неформальным лидером контрреформации в Польше. 18 сентября 1572 года возглавил парламентский комитет по вопросам урегулирования статуса Гданьска, результатом работы которой стали т. н. статуты Карнковского, урегулировавшие правовой статус города.
