Семья и образование
Родился в крестьянской семье. Ещё учась в школе, интересовался религиозными вопросами (получая фактическую информацию в том числе из атеистической литературы) и богослужением, посещал церковь, регулярно читал «Православный вестник» на украинском языке — единственное доступное ему в то время православное издание. Окончил исторический факультет Московского государственного педагогического института (1979), Московскую духовную семинарию (1983), Московскую духовную академию (1987), аспирантуру при Отделе внешних церковных связей Московского патриархата (1994). Кандидат богословия (1989; тема кандидатской работы: «Преподобный Паисий Величковский как продолжатель исихастской традиции»).
Монах
После окончания института недолго работал в школе. В 1979—1980 — послушник Почаевской лавры. С 1983 — в братии вновь открытого Свято-Данилова монастыря в Москве. В монастыре был библиотекарем, звонарём, уставщиком, помощником благочинного, преподавателем литургики в воскресной школе, редактировал «Даниловский листок» — первое печатное издание этого монастыря. В 1985 был пострижен в рясофор с именем Борис и рукоположен во диакона, в 1986 — в мантию с именем Кирилл, с 1987 — иеромонах, с 1993 — игумен.
Настоятель храма
С 1992 — настоятель московского храма святителя Николая на Берсеневке с оставлением в числе братии Свято-Данилова монастыря. За время его настоятельства был отремонтирован храм и обустроена прихрамовая территория. Богослужения в храме проходят по полному чину без сокращений, с древним знаменным пением, практикуются только частная исповедь и погружательное крещение. По словам игумена Кирилла, его храм «практикует старообрядный, а лучше, древнерусский чин», находясь при этом в юрисдикции Московского патриархата (в связи с этим церковь нередко упоминается как «храм Николы на Берсеневке» — такая формулировка соответствует древнерусской традиции). При храме издаётся газета «Берсеневские страницы», в которой, в частности, публикуются проповеди и поучения его настоятеля. Община опекает среднюю школу № 19 им. В. Г. Белинского, расположенную в центре Москвы.
Храм святителя Николая на Берсеневке стал единственным московским храмом, отказавшимся принять ИНН (индивидуальный номер налогоплательщика) и ОГРН (номер государственного реестра) — своё решение приход мотивировал религиозными соображениями, нежеланием втягиваться в «глобалистскую сеть» и участвовать в создании «электронного концлагеря». Кроме того, игумен Кирилл отказался принять новый российский паспорт, утверждая, что он «напичкан оккультной символикой». В связи с такой позицией существенно осложнились отношения прихода с государственными органами и церковными властями — в 2003 обсуждался вопрос об упразднении общины (посредством присвоения храму статуса Патриаршего подворья), в 2006 — о замене настоятеля храма. По словам игумена Кирилла, избежать ликвидации общины помогла «помощь Божия, прежде всего»:
Она явственно ощущалась. Было мироточение иконы преподобного Сергия в день отказа от принятия ИНН, иконы праведного Ноя в день отказа от номера госреестра и еще ряд знаменательных моментов мистического плана. К примеру, одна женщина очень молилась несколько дней и ночей святителю Николе о том, как жить ей, не принявшей ИНН и новый паспорт, без пенсии, в которой ей было отказано? В какой храм ей теперь ходить, где молиться? С её слов, однажды ночью, в чутком (тонком) сне ей было сказано несколько раз: «Берсень… Берсеневка…». Спрашивая у людей и ища в справочнике, она, таким образом, и пришла в храм святителя Николы на Берсеневке, который тоже не принял ИНН.
Одна из сторон деятельности прихода — помощь в восстановлении церковной жизни в российских сёлах Воронежской и Тверской областей. Прихожане под руководством настоятеля ездили по деревням, устанавливали поклонные кресты, у которых впоследствии собираются по воскресным и праздничным дням члены вновь созданных церковных общин. Кроме того, организуются сельские библиотеки духовной литературы. Ещё одна цель таких поездок — побудить сельских жителей к восстановлению полуразрушенных храмов. По воспоминаниям игумена Кирилла, они приезжали в какую-либо деревню, где был разрушенный храм