Образование
Поступил на медицинский факультет университета Вальядолида, однако вскоре его оставил и вступил в орден францисканцев. Изучал философию в Риме и психологию в Центральном университете Мадрида.
Священник
Посвящён в священники 17 августа 1960 Мигелем Новоа Фуенте, титулярным епископом Читри и помощником архиепископа Сантьяго-де-Компостела. Затем продолжал обучение в Риме, после окончания которого — на пастырской работе в Мадриде. Профессор философии науки и антропологии в различных образовательных центрах. С 1970 — провинциал францисканской провинции Сантьяго.
Архиепископ Танжера
17 декабря 1973 назначен архиепископом Танжера (Марокко). Рукоположён в сан 28 апреля 1974 в мадридской церкви San Francisco el Grande архиепископом Толедо кардиналом Марсело Гонсалесом Мартином, помощниками которого выступали архиепископ Сантьяго-де-Компостела Феликс Ромеро Менхибар и бывший архиепископ Танжера Франсиско Альдегунде Доррего, O.F.M. Несколько раз выступал как посредник на переговорах по урегулированию разнообразных конфликтов между странами Магриба (Алжир, Ливия, Марокко, Мавритания, Тунис) и Испанией.
Архиепископ Севильи и кардинал
22 мая 1982 назначен архиепископом Севильи.
Член Академий Buenas Letras, Medicina and Bellas Artes (Севилья). Награждён высшей наградой Доминиканской Республики орденом al M?rito de los Padres de la Patria Dominicana (февраль 1995). Почётный доктор Технологического университета Сибао, Доминиканская республика (февраль 1995). Награждён серебряной медалью Республики Панама (сентябрь 2000).
Возведён в сан кардинала на консистории 21 октября 2003. Кардинал-священник с титулом церкви Санта-Мария-ди-Монсеррато.
Участвовал в конклаве 18—19 апреля 2005.
13 ноября 2008 папа римский Бенедикт XVI назначил Хуана Асеньо Пелегрину, епископа Кордобы коадъютором архиепископа Севильи. Таким образом, он заменит, когда кардинал Амиго Вальехо пошлёт свою отставку папе римском Бенедикту XVI и это будет принят им.
5 ноября 2009 кардинал Амиго Вальеха покинул пост архиепископа Севильи, его преемником стал Хуан Хосе Асеньо Пелегрина.
