Митрополит Симеон поставил Макария архимандритом Виленского Троицкого монастыря.
В 1495 году после смерти Киевского митрополита Ионы (Глезны), Собором архиереев состоялось рукоположение архимандрита Макария на митрополита. Избирательный собор не ограничился одним предъизбранием, а до благословения и утверждения патриарха постановил безотлагательно, в срочном порядке, соборными силами местного епископата сначала посвятить Макария во епископа и в митрополита и потом уже послать post factum посольство к патриарху за благословением. Местная летопись говорит: «Собрались тогда епископы Владимирский Вассиан, Полоцкий Лука, Туровский Вассиан, Луцкий Иона и постановили архимандрита Макария, по прозванию Черта, митрополитом Киеву и всей Руси. А к патриарху за благословением послали старца Дионисия и Германа диакона-инока». Вскоре посольство вернулось с утвердительным ответом, но посланник патриарха все-таки не мог не сделать выговора за нарушение нормального порядка. Послу были объяснены скрытые от нас причины торопливости, и он их признал убедительными для оправдания русских епископов.
Митрополит Макарий прилагал много усилий к ослаблению внутренних распрей среди духовенства и мирян, заботился о развитии Киевской митрополии. На свои личные средства упорядочил и украсил много храмов и монастырей. Он оберегал и защищал права православных от латинян. Для этого принимал меры, чтобы склонить литовского великого князя Александра к православным.
Жил в столице Литвы, так как в Киеве было опасно жить из-за постоянных набеги крымских татар. Много русских людей гибли от меча и попадали в плен, татары грабили и жгли храмы. В этих условиях поездка в Киев была очень опасной. Но митрополит Макарий поехал, чтобы решить многие церковные дела и, главное, заняться восстановлением разрушенного Софийского собора.
1 мая 1497 на берегу реки Припять, когда митрополит Макарий проводил Божественную литургию, напали татары. Святитель призвал присутствующих спасаться, а сам остался у алтаря и принял мученическую смерть. Его зарубили, отсекли ступню и голову.
Современники горячо оплакивали смерть святителя. Его тело привезли в Киев и положили в храме Святой Софии. Его память чтили в день тезоименитства (18 января), но с 1827 года эта дата была перенесена на день его смерти.
