Достоверных сведений о жизни Мусы немного. Он был сыном шестого имама Джафара ас-Садика и Хамиды-ханум, рабыни берберского или андалузского происхождения. Его детство пришлось на период антиомейядских восстаний и утверждения династии Аббасидов. После смерти своего отца (765) Муса около тридцати лет прожил в Медине, по-видимому, относительно спокойно и безбедно. У него было 18 сыновей и 23 дочери; его жена, Наджма, бывшая рабыней, была выкуплена и освобождена его матерью, Хамидой.
При халифе аль-Махди (775—785) или при аль-Хади (785—786) Муса был арестован по подозрению в связях участниками хариджитских восстаний, но вскоре освобождён. Позднее, по некоторым данным в 794 г., он был по приказу Харуна ар-Рашида заточён в тюрьму в Багдаде, где и умер в 799 году. Обстоятельства смерти неясны: власти объясняли её естественными причинами, но шииты считают его мучеником. День рождения и день смерти Мусы аль-Казима отмечаются до сих пор.
