Сличая московские издания с несколькими десятками славянских и греческих списков, Арсений и его товарищи рассмотрели Требник в 1602 г., Цветную триодь, Октоих, Общую минею, Месячную минею, Псалтырь, Каноник и Церковный устав в 1610—1618 гг. Дионисий отвез в Москву исправленный текст.
Что предвидел Арсений, то и случилось. Иона, недовольный тем, что исправление книг велось в Троицкой лавре, помимо него, и оскорбленный ещё тем, что справщики нашли ошибки в книгах, изданных уже при нём, созвал собор, который занялся не обсуждением исправлений, а осуждением справщиков: особенно ставилось им в вину то обстоятельство, что в молитве на день Богоявления Господня, которая в прежнем Потребнике кончалась словами: «сам и ныне, Владыко, освяти воду сию Духом твоим святым и огнем», справщики «вымарали» слово «и огнем». Все доказательства, приведенные А. и товарищами его в оправдание свое, не привели ни к чему; они были осуждены и подвергнуты целому ряду истязаний. После пытки в Вознесенском монастыре Арсений содержался в тяжком заключении на Кирилловском подворье. Во время этого заключения он написал два послания к боярину Борису Салтыкову и протопопу Ивану Лукьяновичу (последнее напечатано в статье Вишневского в «Правосл. обозрении», 1862 г., № 3). Послания эти яркими красками рисуют поразительное невежество московского духовенства того времени и содержат некоторые данные для составителя их биографии. В июле 1619 г. злополучные справщики по ходатайству патриарха Иерусалимского, гостившего тогда в Москве, были освобождены, а по возвращении Филарета, выбросившего слово «и огнем» в Требнике, Арсений снова был приставлен к книжному делу и долго работал на печатном дворе.
