Училась в Кёльнской консерватории у Изидора Зайсса и Франца Вюльнера, затем у Теодора Лешетицкого и Эмиля фон Зауэра. В 1907 году познакомилась, а в 1911 годах вышла замуж за скрипача Виллема фон Хоогстратена (брак распался в 1927 году), много концертировала в дуэте с ним. В 1920-е годы жила и выступала преимущественно в США, упрочив мировую репутацию выдающейся исполнительницы произведений Бетховена и Брамса. В 1930 году вернулась в Европу. В 1931 году по инициативе Ней в Бонне был учреждён ежегодный фестиваль Народные бетховенские дни (нем. Volkst?mliche Beethoventage), проводившийся до 1944 года и ставший предшественником современного Бетховенского фестиваля.
Элли Ней поддержала установление в Германии фашистского режима, в 1937 году вступила в НСДАП, преподавала в различных музыкальных учебных заведениях, в том числе в особой консерватории, созданной немцами в оккупированном Кракове. Известно письмо Ней Йозефу Геббельсу с вопросом, очищены ли уже Нидерланды от евреев: если да, то Ней готова была согласиться на гастроли в этой стране. По окончании Второй мировой войны на протяжении семи лет Элли Ней запрещено было выступать. После реабилитации в 1952 года она вернулась к активной концертной деятельности, продолжавшейся до последних лет её жизни.
