Учился в Вене у Игнаца Мошелеса (фортепиано) и Э. А. Фёрстера, затем пробовал себя в Риме и Неаполе. С 1823 г. жил в Париже. Поставил здесь четыре оперы: «Лесной дом» (итал. La casa nel bosco; 1828), «Страделла» (1837), «Мария Стюарт» (1844) и «Фронда» (1853) — все без особенного успеха. Наиболее известным произведением Нидермейера остался романс на знаменитое стихотворение Ламартина «Озеро».
Во второй половине 1850-х гг. Нидермейер в значительной мере переключился на решение педагогических и организационных задач. Он принял руководство Институтом церковной музыки, основанным А. Э. Шороном, и реорганизовал его в активно развивающееся учебное заведение. Вместе с Жозефом д’Ортигом Нидермейер основал посвящённый церковной музыке журнал «La Ma?trise»; кроме того, вдвоём они написали «Теоретическое и практическое руководство по хоральному пению» (фр. Trait? th?orique et pratique du plain chant; 1876).
После смерти Нидермейера его Институт церковной музыки возглавили два его зятя — композитор Гюстав Лефевр и органист Эжен Жигу.
