Нифонт принял монашеский постриг в Киево-Печерском монастыре. В 1130 (1131) году был возведён на Новгородскую кафедру, епископская хиротония состоялась в Киеве. В 1135 году Нифонт прекратил вражду между киевлянами и черниговцами, обратившись к князьям с увещеванием.
Нифонт не признал Климента, поставленного в 1147 году митрополитом Киевским, по инициативе великого князя Изяслава II Мстиславича без участия Константинопольского патриарха. За это он был сослан в Печерский монастырь и вернулся на свою кафедру при Юрии Долгоруком. За свою приверженность Константинополю Нифонт получил от патриарха Николая IV грамоту, в которой он сравнивает его со святыми отцами древности, отстававшими интересы Православия. В Пскове Нифонтом был основан Мирожский монастырь, в Новгороде он украсил Софийский собор, в Старой Ладоге построил церковь святого Климента.
Поехав в 1156 году встречать в Киев законного митрополита Константина Нифонт остановился в Киево-Печерском монастыре, где скончался после непродолжительной болезни. Был погребён в Феодосиевых пещерах, а затем его мощи перенесли в Ближние Антониевы пещеры.
