Пери учился музыке у Кристофано Мальвецци во Флоренции. Работал певцом и органистом в местных церквах. Впоследствии служил при дворе Медичи, сначала певцом (тенор), позже придворным композитором. Его первыми сочинениями стала музыка для пьес и мадригалов.
В 1590-х гг. Пери познакомился с Якопо Корси, главным покровителем музыки в Флоренции. Вместе они признавали, что современное искусство уступает классическим сочинениям греческой и римской культуры. Они решили попробовать воссоздать греческую трагедию, как они её понимали. Их работа продолжила работу Флорентийской камераты предыдущего десятилетия. Они экспериментировали с «монодией», что привело к появлению арии и речитатива. Пери и Корси пригласили поэта Оттавио Ринуччини написать либретто. Их совместное творение «Дафна» традиционно признают первой оперой (поставлена во время карнавала 1597-98 годов в Венеции).
Ринуччини и Пери вместе работали и над следующей оперой «Эвридикой» (впервые поставлена 6 октября 1600 года, Венеция). В сочинении использованы речитатив, который вместе с ариями и хорами служили развитию действия.
Впоследствии Пери написал (в том числе в сотрудничестве с флорентийским композитором Марко да Гальяно) ещё 5 опер, а также сочинения в других жанрах, приуроченные к разным событиям придворной жизни. Несмотря на то, что на момент смерти композитора его оперный стиль выглядел довольно старомодным в сравнении с работами младшего поколения композиторов (например, Клаудио Монтеверди), влияние творчества Пери на становление жанра оперы несомненно.
