Был учеником Афанасия Великого. Перед смертью Афанасий назначил Петра своим преемником. Его выбор был одобрен епископатом, клиром и народом. Петр II был ревностным противником арианства.
Начало правления Петра II пришлось на возобновление имп. Валентом и префектом Татианом гонений на православных. Префект Египта язычник Палладий во время Патриаршей службы ворвался с толпой в храм св. Феоны и учинил погром. Петр вынужден был покинуть Египет. Ариане, воспользовавшись отсутствием Петра, при помощи Палладия возвели на кафедру Лукия.
Петр нашел убежище в Риме, где Дамасий I принял его и поддерживал его против ариан. Патриарх Петр II вернулся в Александрию после того, как Лукий был изгнан александрийцами, а покровитель ариан император Валент погиб в битве под Адрианополем (378).
