Семья
Родился в Сибири в военной семье. Его мать Пелагея после смерти мужа постриглась в монахини в Тюменском Алексеевском женском монастыре с именем Параскевы, затем являлась игуменьей женского Успенского монастыря в местечке Лявля.
Начало деятельности
В юности будущий архиерей находился в старообрядческой среде и сам некоторое время принадлежал к старообрядцам. Однако затем пересмотрел свои взгляды и получил образование в Патриаршей школе московского Чудова монастыря, был близок к её главному наставнику Епифанию Славеницкому. Был пострижен в монашество и рукоположен во иеромонахи Успенского Далматовского монастыря, находившемся на территории будущей Пермской губернии на реке Исети (см. Далматово).
В августе 1679 основатель монастыря старец Далмат направил его по монастырским делам в Москву, где он был зачислен Патриархом Иоакимом в число крестовых иеромонахов при патриаршем доме для редактирования переводов Священного Писания, активно боролся против старообрядчества.
Епископ
18 марта 1682 хиротонисан во епископа Холмогорского и Важеского с возведением в сан архиепископа. Ещё до отъезда в свою епархию стал главным оппонентом видного старообрядческого деятеля Никиты Добрынина во время «прений о вере» 5 июля 1682 года в Грановитой палате в присутствии Патриарха Иоакима и царевны Софьи Алексеевны.
В октябре 1682 прибыл в Холмогоры, находился на Холмогорской кафедре до конца жизни, проявил себя энергичным архипастырем. Основал в городе каменный архиерейский дом и Казённый приказ. По его инициативе были построены Холмогорский Спасо-Преображенский собор (годы строительства — 1685—1691) и Успенский женский монастырь, возводились новые каменные храмы, восстанавливались старые. В епархии увеличилось количество приходов. Кроме того, под руководством владыки в Холмогорах были построены сад и ветряная мельница, а в Архангельске и Шенкурске — деревянные архиерейские дворы. Писатель Борис Шергин считал, что
Значительное внимание он уделял борьбе со старообрядчеством, используя в ней различные методы — как просветительские (содействие подготовке образованных священников, организация приходских школ), так и репрессивные. Многие старообрядцы заключались в тюрьму при архиерейском доме в Холмогорах, где их силой заставляли отречься от своих взглядов. Так, епископ Холмогорский Афанасий в своей грамоте настоятелю Соловецкого монастыря прямо предписывал прибегать к пыткам, чтобы вырвать от узников нужное признание — «чистосердечное покаяние». Несмотря на жёсткие действия архиепископа, уничтожить старообрядчество на Севере ему не удалось. Владыка стремился повысить нравственный уровень своих прихожан, боролся с пьянством и табакокурением.
Архиепископ Афанасий был образованным человеком, в описи его библиотеки содержатся 270 названий книг и 490 отдельных томов, в том числе книги на латинском, греческом и немецком языках, медицинские, исторические, географические, военные сочинения. В его доме имелись «книга атлас», «книга карта морская», «всякие картины и чертежи», «два глобуса на станках», «компас», «двенадцать чертежей да две карты морские». Голландский путешественник Корнелиус де Бруйн называл его человеком «здравого ума и любителем изящной литературы». Владыка основал первую на русском Севере обсерваторию (телескоп вначале находился в одной из келий, а затем на колокольне Спасо-Преображенского собора), образовал при Спасо-Преображенском соборе епархиальный архив, поручил составить новую редакцию «Двинского летописца».
