В 1819 г. поступил кларнетистом в оркестр венского театра Ин дер Йозефштадт (), в 1822 г. перешёл в городской театр Прессбурга, в 1827 г. занял там же пост дирижёра. Успех в Прессбурге привёл к приглашению Покорны в 1836 г. возглавить театр в Бадене, откуда уже в следующем году он перешёл в свой родной Театр ин дер Йозефштадт, который в 1840 г. выкупил и перестроил. В последующее десятилетие Покорны руководил в этом театре как оперной частью репертуара (в частности, под его руководством были даны венские премьеры «Лючии ди Ламмермур» и «Дочери полка» Гаэтано Доницетти), так и драматической, построил летние театры в Бадене и Эденбурге, организовал венские гастроли Дженни Линд (1846 и 1847). Под патронатом Покорны началась успешная композиторская карьера Альберта Лорцинга и Франца фон Зуппе (впоследствии посвятившего памяти Покорны свой Реквием). Состояние Покорны, впрочем, не выдержало серии дорогостоящих премьер, а в особенности удара революционных событий 1848 года.
Сын Покорны, Алоис Покорны (1825—1883), также был дирижёром и театральным режиссёром, работавшим в том же Театре ин дер Йозефштадт.
