Начиная с 170 г. до н. э. был соправителем своего брата — Птолемея VI Филометора. Постепенно между ними назревал разрыв, подогреваемый придворными интригами и борьбой группировок в среде египетской и македонской знати. Несоответствие характеров братьев (Филометор был тихого и миролюбивого характера, в то же время Эвергет — деятелен, жесток и своенравен) только способствовало этому.
Создавшееся двоевластие позволило в 164—163 гг. до н. э. вмешаться римскому государству в дела Египта. По настоянию римских послов примирение братьев заключалось в разделе между ними принадлежавших им владений, таким образом Филометор получил Египет и Кипр, Евергет — Киренаику. Считая себя обделённым, Евергет в 162 г. до н. э. ездил в Рим, для аннулирования произведённого римлянами раздела, тогда же отправил в Рим своих послов и Филометор.
В 154 г. до н. э. Эвергет пытался захватить Кипр и превратить его в плацдарм для наступления на Египет, но потерпел неудачу и был взят в плен. Тем не менее, мягкий и человеколюбивый Филометор простил его и даже вернул ему в управление Киренаику. В 152 г. до н. э. сын Птолемея VI, Птолемей VII Евпатор, был провозглашён соправителем фараона.
После смерти Птолемея VI в 145 г. до н. э., иудейский полководец Ония хотел удержать престол для его вдовы и детей, но Птолемей VIII завоевал оружием власть, женился на вдове своего предшественника Клеопатре II, и велел убить своего племянника Птолемея VII Евпатора, законного наследника престола, равно как и всех недовольных. Александрия лишилась чуть не всех лучших своих ученых и государственных людей. Около 130 до н. э. произошло восстание. Поводом к нему был разрыв царя с Клеопатрой II, от которой он уже имел сына, и женитьба на её дочери от Птолемея VI — Клеопатре III. Александрийцы подожгли дворец и заставили царя бежать на Кипр. Там он убил своего сына и послал его матери изуродованные части его тела. Новое восстание, вызванное этим зверством, окончилось примирением, и остальное время царствования Птолемея VIII прошло спокойно.
Птолемей VIII считался чрезвычайно образованным монархом: он исправлял тексты Гомера, посылал экспедиции и сам объезжал свои владения с целью познакомиться с географией и этнографией стран. С его именем связано запрещение вывозить папирус из Египта, благодаря чему было начато производство пергамента в Малой Азии. После его смерти он завещал трон Клеопатре III, с предоставлением ей права выбрать в соправители любого из двух её сыновей.
