Окончил Миланскую консерваторию имени Джузеппе Верди по классу органа, параллельно изучая дирижерское искусство. Даниэле продолжил свое дирижерское образование в Высшей музыкальной академии Пескары у Джильберто Серембе, затем обучался в Музыкальной академии Киджи в Сиене у Джанлуиджи Джельметти и в Королевской музыкальной академии Лондона у Колина Дэвиса. Рустиони называет своим учителем также Джанандреа Нозеда, у которого он прошёл мастер-класс.
В настоящее время Рустиони занимает пост главного приглашённого дирижера английского фестиваля «Ashovert Music Festival», является заместителем декана вокального факультета Королевской музыкальной академии и преподавателем певческого искусства в Национальной студии оперы, где работает также в качестве ассистента сэра Колина Дэвиса. Даниэле Рустиони активно сотрудничает с театром Ла Скала.
Являлся дирижером Регионального оркестра Тосканы во Флоренции, Симфонического оркестра Вупперталя в Германии, Симфонического оркестра Нордфьордской Оперы в Норвегии, Симфонического оркестра Бард-колледжа в Нью-Йорке, Симфонического оркестра Королевской музыкальной академии и Симфонического оркестра Кингс-колледжа в Лондоне.
В январе 2008 года Даниэле Рустиони выступил музыкальным руководителем и дирижером постановки оперы «Сельская честь» в Михайловском театре. Критики, высоко оценившие общий уровень спектакля, особо отметили вклад молодого дирижера в успех премьеры.
