Происхождение и воспитание
Ференц II Ракоци родился в деревне Борши (теперь Кошицкий край, Словакия) в семье наследного правителя Трансильвании Ференца I Ракоци и Илоны Зрини, племянницы Миклоша Зрини. Внук трансильванского князя Дьёрдя Ракоци II и хорватского бана Петра Зрини.
Отец Ференца II умер, когда тот был ещё младенцем, поэтому австрийский императорский совет при Леопольде I добился предусмотренного завещанием Ференца I Ракоци предоставления себе прав на опеку над малолетним наследником трансильванского престола, чтобы устранить потенциальный оплот сопротивления подчинению установления власти династии Австрийских Габсбургов над Венгрией. Тем не менее, Илона Зрини сохранила за собой опеку над сыном при верховной опеке со стороны Леопольда I.
Детство Ференца Ракоци прошло в замках Мункача, Шарошпатака и Регеца, однако после смерти бабушки Софии Батори с 1680 года семья Ракоци окончательно осела в Мукачевском замке, который позже станет оплотом повстанцев во главе с ним и к которому Ракоци питал особенно тёплые чувства на протяжении всей жизни. Воспитывался юный потомок трансильванских правителей в иезуитских школах.
Ракоци и восстание Тёкёли
Второй муж Илоны Зрини, «король куруцев» Имре Тёкёли, не вмешивался в воспитание её детей, занимаясь по преимуществу борьбой за сохранение суверенитета Трансильвании. Однако разгром турок под Веной в 1683 году усилил недоверие Османской империи к трансильванскому князю, и Тёкёли даже был готов отправить приёмного сына в качестве заложника в Стамбул, однако Илона Зрини воспрепятствовала такому решению.
В 1686—1689 годах Ференц Ракоци пребывал с матерью в осаждённом австрийскими войсками Мукачеве. Хотя первоначально Илоне Зрини удавалось стойко оборонять замок, но к 1689 году силы его защитников иссякли, и после капитуляции она с детьми была отправлена в Вену, которую могли покинуть только с позволения императора. После подписания Карловицкого мирного договора 26 января 1699 года Тёкёли и Зрини были высланы из страны, а сам юный Ракоци остался при императоре.
С 1692 года Ференц II Ракоци был ишпаном (управляющим) Шарошского комитата. В это время остатки поддерживавших Тёкёли крестьян подняли новое восстание и даже завладели крепостями Токая, Патака и Уйгея. Тем не менее, сам ишпан не одобрил неорганизованности стихийного крестьянского движения и был вынужден поспешно выехать в Вену, чтобы опровергнуть сомнения в его лояльности к императорскому двору. Тем не менее, на самом деле, Ракоци пришёл к выводу о необходимости восстановления суверенитета упразднённого в 1526 году независимого Венгерского королевства и стал подумывать об организации вооружённого выступления против Габсбургов. С этой целью он заручился полной поддержкой третьего по размерам своих земельных владений феодала страны, образованного землевладельца Миклоша Берчени, чьи наделы граничили с землями Ракоци и включали город Ужгород (Унгвар).
