Окончил Оксфордский университет. В 1936—1971 гг. состоял на дипломатической службе. Третий секретарь посольства Великобритании в Японии (1939—1940), с началом Второй мировой войны был интернирован, однако в 1942 г. освобождён и назначен в британское посольство в Египте: второй секретарь в 1942—1945 гг., первый секретарь в 1945—1948 гг.; в 1948—1951 гг. первый секретарь посольства в Испании. В 1951—1953 гг. советник отдела Японии и Тихоокеанского региона, затем отдела Китая и Кореи в МИД Великобритании. В 1956—1959 гг. посол Великобритании в Иордании. В 1960—1963 гг. губернатор Адена, в 1963 г., после объявления британских колоний в Южной Аравии протекторатами, Верховный комиссар Великобритании в Адене и Протекторате Южной Аравии. В 1963—1965 гг. второй заместитель министра иностранных дел Великобритании (англ. Deputy Under Secretary of State for Foreign Office). В 1965—1971 гг. Верховный комиссар Великобритании в Австралии. В 1971 г. вышел в отставку. Командор (1953), рыцарь-командор (1959) и наконец рыцарь Большого креста (1971) Ордена Святого Михаила и Святого Георгия; кроме того, в 1960 г. был произведён в рыцари Ордена Святого Иоанна Иерусалимского.
Чарлз Хепбёрн-Джонстон опубликовал две книги стихов, «К Леагру и другие стихотворения» (англ. For Leagros and other poems, 1940) и «В сторону Мозамбика и другие стихотворения» (англ. Towards Mozambique and other poems, 1947) под именем Чарлз Хепбёрн; известно, что вопросы публикации второго из этих сборников он обсуждал с Лоуренсом Дарреллом, своим сослуживцем по британскому посольству в Египте. Затем, после длительной паузы, последовали книги, изданные под именем Чарлз Джонстон: «Устье в Шотландии» (англ. Estuary in Scotland, 1974), «Стихи и путешествия» (англ. Poems and journeys, 1979), «Реки и фейерверки» (англ. Rivers and fireworks, 1980), «Разговор о последнем поэте» (англ. Talk about the last poet, 1981), «Шуазель и Талейран» (англ. Choiseul and Talleyrand, 1982), «Ирландские огни» (англ. The Irish lights, 1983), «Избранные стихотворения» (англ. Selected poems, 1985).
Из стихотворных переводов Джонстона наибольший резонанс вызвал перевод «Евгения Онегина» размером подлинника с сохранением рифмовки, то есть онегинской строфой; этот перевод вышел в 1977 г. Среди прочего, под влиянием джонстоновского перевода свой роман в стихах онегинской строфой «Золотые ворота» написал индийский поэт Викрам Сет. Двумя изданиями — в Англии (1983) и в США (1984) — вышла книга переводов Джонстона из Пушкина и Лермонтова под общим названием «Повествовательные поэмы» (англ. Narrative Poems), включающая пушкинских «Графа Нулина», «Моцарта и Сальери» и «Медного всадника» и лермонтовских «Мцыри» (англ. The Novice) и «Тамбовскую казначейшу». Джонстоном был также опубликован перевод лермонтовского «Демона». Незадолго до смерти он начал работу над переводом поэмы Николая Некрасова «Мороз, Красный нос».
Кроме того, Джонстон опубликовал три книги записок. Первая, «Вид со Стимер-Пойнта» (англ. The view from Steamer Point; 1960), охватывает период его работы в Адене (Стимер-Пойнт (араб. Ат-Тавахи) — название района в Адене), вторая, «Мо и другие оригиналы» (англ. Mo and other originals; 1971) — египетский период (сокращённым Мо Джонстон называет своего дворецкого Мохаммеда Абуди), третья, «Берег Иордана» (англ. The brink of Jordan; 1972) — период работы в Иордании.
