Учился в Гёттингенском университете. Ученик Гаусса и Дирихле. В 1847—1852 работал в Берлинском университете. Эйзенштейн всю жизнь страдал нервно-психическим расстройством, позже он заболел туберкулёзом, от которого и умер. Тем не менее за свою короткую жизнь он сумел сделать очень много.
Основные работы в области алгебры (в частности знаменитый критерий неприводимости) и теории чисел (кубический и биквадратический законы взаимности). Интересны его работы по эллиптическим функциям, которые оказали влияние на последующие работы А.Вейля и Симуры уже в XX веке.
Гаусс отзывался об Эйзенштейне крайне высоко:
«Было только три математика, сделавших эпоху — Архимед, Ньютон и Эйзенштейн.»
