Начало их преподавательской деятельности в Москве в 1685 году ознаменовало окончательную победу «грекофильской» партии над «латинской» в богословских спорах и политической борьбе того времени в Московской Церкви и при царском Дворе. Пользовались поддержкой Патриарха Иоакима, архиепископа Холмогорского Афанасия (Любимова), влиятельного Чудовского инока Евфимия, архимандрита Высокопетровского монастыря Иова. Сумели приобрести значительное положение и в гражданских сферах: имели доступ ко двору государей. Светским покровителем братьев был князь Василий Васильевич Голицын, оказавший Лихудам значительную помощь своими деньгами в устройстве Академии.
Факты биографии
Греки по национальности, родом из Кефалонии, потомки византийского княжеского рода царской крови. Получив образование в Греции, потом в Венеции и Падуанском университете, они несколько лет состояли в Греции учителями и проповедниками.
Когда русское правительство задумало завести в Москве высшую школу с именем академии, царь Фёдор и Патриарх Иоаким в 1682 году просили Восточных Патриархов о присылке в Москву православных и искусных учителей. Так случилось, что с марта 1683 года братья Лихуд жили в Константинополе на подворье у Иерусалимского Патриарха Досифея II. Последний предложил Лихудам отправиться в Москву, снабдив их рекомендательными грамотами и деньгами на дорогу.
3 июля 1683 года Лихуды оставили Константинополь; в Россию прибыли почти два года спустя вследствие задержки в пути из-за войны Австрии с Портою и происков иезуитов в Польше, которые старались как можно долее задержать Лихудов.
Прибыли в Москву 6 марта 1685 года. Сразу по прибытии в Москву 1685 году начали преподавать в существовавших уже «заиконоспасских школах», помещавшихся в Заиконоспасском монастыре, и в течение восьми лет преподавали грамматику, пиитику, риторику, логику и физику, встречая большие препятствия со стороны бывших в то время в Москве учёных-западнорусов.
В 1688 году Иоанникий Лихуд в звании русского посла отправился в Венецию, где пробыл около четырёх лет.
В 1694 году, по требованию Досифея II, к тому времени бывшего весьма недовольным деятельностью братьев (в основном ввиду конфликтов корыстного характера и доносов), а также неблаговидного поведения сына Иоанникия — Николая (тот был пожалован стольником и владел значительною земельною собственностью), оба брата были устранены от преподавания в академии и определены для занятий к московской типографии.
В 1697 году указом Петра I им поручено было обучать 55 человек итальянскому языку (из 55 учились лишь 10, остальные отговорились). Их продолжали обвинять то в ересях, то в каких-то политических интригах в Царьграде.
В 1701 они были сосланы в костромской Ипатьевский монастырь.
В 1706 новгородскому митрополиту Иову позволено было поручить им устройство в Новгороде славяно-греко-латинской школы по образцу московской. Из Новгорода они снова вызваны были в Москву, для занятий в академии и для участия в исправлении Библии, вначале Софроний в 1709 году, а потом Иоанникий в 1716 году.
Около 1720 года, после смерти Иоанникия, Софроний был назначен настоятелем Солотчинского монастыря в Рязанской епархии. Монахи не любили настоятеля-гречина, получившего эту должность не по их выбору, а по назначению начальства. Они отказывались подчиняться его распоряжениям, несколько раз держали его под арестом в его келье, покушались даже на его жизнь. Он бежал в Москву, где его жалобы не имели успеха вследствие подкупа судей монастырскими стряпчими, ненавидевшими Софрония за то, что он препятствовал расхищению ими монастырских имуществ.