Вернер родился в 1968 году в Кёльне. В 1977 году получил французское гражданство. В 1993 году Университетом имени Пьера и Марии Кюри ему была присвоена докторская степень. С 1991 по 1997 год он работал научным сотрудником Национального центра научных исследований Франции. Вернер является лауреатом нескольких научных премий, в том числе Филдсовской премии, которая была присуждена ему в 2006 году за вклад в изучение стохастической эволюции Лёвнера, геометрии двумерного броуновского движения и конформной теории поля. В 2008 году стал членом Французской академии наук.
В 1982 году Вернер снялся в художественном фильме «Прохожая из Сан-Суси» (фр. La Passante du Sans-Souci).
