Его отец-татарин (внучатый племянник Шагин-Гирея), после взятия Бахчисарая, мальчиком был привезён в Санкт-Петербург и подарен графу Ланскому. Его крёстной матерью стала сама Екатерина II, давшая крестнику фамилию своего камердинера. Михаил Зотов воспитывался в шляхетском корпусе, участвовал в войнах начала столетия, полковником русской службы прибыл в дунайскую армию князя Прозоровского и около 1809 года пропал бесследно.
Рафаил Зотов учился в гимназии в Санкт-Петербурге, участвовал в войне 1812—1814 годов, при Полоцке был тяжело ранен.
Служил секретарём при директоре императорских театров А. Л. Нарышкине. С 1818 года заведовал в Петербурге репертуаром немецкой, а в 1826—1836 годах — русской драматической труппы. Подал в отставку из-за конфликта с директором императорских театров А. М. Гедеоновым (Зотов даже посылал Гидеонову вызов на дуэль). Хорошо зная иностранные языки, он был сотрудником и переводчиком многих периодических изданий, начиная с булгаринской «Пчелы» и «Сына Отечества» до «Голоса» и изданий его сына включительно. В последних Зотов поместил много статей и научного содержания.
Сочинил и перевёл (начиная с 1814) более 100 пьес, широко ставившихся на сцене. Среди них — комедии («Ревнивая жена», 1816, и др.), мелодрамы («Разбойник богемских лесов», 1830, «Проезд вице-губернатора», 1838), водевили и исторические драмы: «Юность Иоанна III, или Нашествие Тамерлана на Россию», СПБ, 1823, и др.). Перевёл на немецкий язык 10 русских пьес и составил на французском языке историю Александра I.
Его романы, главным образом исторические: «Двадцатипятилетие Европы в царствование Александра I» (2-е изд., 1841), «Наполеон на острове святой Елены» (два издания), «Цын-Киу-Тонг, или три добрые дела духа тьмы» (2-е изд. М., 1858), «Два брата или Москва в 1812 г.» (2-е изд. М., 1858), «Таинственный монах» (из истории Алексея Михайловича и Петра I, изд. 5-е СПб., 1881), «Леонид или черты из жизни Наполеона I» (изд. 4-е, СПб., 1881), «Никлас-Медвежья лапа» (изд. 2-е, М., 1858), «Шапка юродивого» (М., 1831), «Бородинское ядро и Березинская переправа» (1844) и многие другие в своё время охотно читались средней публикой. Большим интересом отличались его «Театральные воспоминания» (СПб., 1859). Записки Зотова опубликованы в «Иллюстрированном Вестнике» (1874, № 3-8).
Посмертный роман Зотова: «Последний потомок Чингисхана» (СПб., 1881) касается жизни и загадочной кончины его отца.
Против драматургии Зотова и его ближайших соратников — Н. В. Кукольника, П. Г. Ободовского и др., резко выступала демократическая критика во главе с В. Г. Белинским.
