Дважды был женат — сперва женился на принцессе Елизавете Саксен-Веймарской (1854-1908), после её смерти женился 15 декабря 1909 на княжне Елизавете Штольберг-Росласской (1885-1969). В 1897 году, когда умер его старший брат, великий князь Фридрих Франц III и на престол вступил его старший сын, племянник Иоганна Альберта, пятнадцатилетний Фридрих Франц IV, Иоганн Альберт стал регентом и пробыл им три года до совершеннолетия Фридриха Франца IV, наступившего в 1901 году.
Умер уже после отречения последнего великого герцога Мекленбург-Шверинского Фридрих Франц IV и падения монархии.
