Действительным правителем был её муж Стефан Баторий, а после его смерти в 1586 году племянник Сигизмунд. Таким образом, Польша в 1575—1596 годах формально имела двух королей одновременно. Во время бескоролевья Анна не осуществляла власти — страной руководил интеррекс — примас Польши, епископ гнезненский.
Анна Ягеллонка скончалась на 72 году жизни, 9 сентября 1596 года в Варшаве. Похоронена была в часовне Сигизмунда Краковского кафедрального собора.
