Образование
Родился 22 января 1862 года в селе Комарово Хотинского уезда Бессарабской губернии в семье молдавского священника.
Окончил Кишинёвскую духовную семинарию (1880), Киевскую духовную академию (1885) со степенью кандидата богословия. Будучи студентом, в 1885 году посетил Афон. Впечатления о своих поездках он изложил в «Дневнике студента — паломника на Афон», который был удостоен Макарьевской премии.
Магистр богословия (1895 год; тема диссертации: «Гавриил Банулеско-Бодони, экзарх Молдо-Влахийский (1808—1812 гг.) и митрополит Кишинёвский (1813—1821 гг.)».). Собирая материалы для диссертации, дважды выезжал за границу: в 1888 в Австро-Венгрию и в 1890 — в Румынию.
Доктор церковной истории (1904 год; тема диссертации: «Исследования и монография по истории Молдавской Церкви». Часть 1-я. «История Молдавской епархии и их святителей со времени основания государства и до наших дней»). Этот труд был отмечен королём Румынии, наградившим автора медалью Bene Merente 1-й степени, присуждавшейся за выдающиеся научные труды. Российская Академия Наук удостоила его за эту же диссертацию большой Уваровской премии.
Научно-педагогическая деятельность
В 1880—1881 годах преподавал в Единецком духовном училище.
С 1885 года — преподаватель древнегреческого языка, затем церковного пения и догматического богословия в Кишинёвской духовной семинарии. Одновременно состоял редактором «Кишинёвских Епархиальных Ведомостей», причём им лично было написано для этого издания около ста различных статей и заметок, преимущественно церковно-исторического содержания.
30 декабря 1895 года пострижен в монашество, с 31 декабря 1895 года — иеродиакон.
С 1 января 1896 года — иеромонах, инспектор Новгородской духовной семинарии, затем её ректор и настоятель монастыря св. Антония Римлянина в Новгороде с возведением в сан архимандрита.
С 10 января 1897 года — инспектор Московской духовной академии и исправляющий должность ординарного профессора по кафедре Библейской истории.
С 13 марта 1898 года — ректор Московской духовной академии (до 1903 года). Пользовался в академии большим авторитетом. Важным событием в истории МДА стала паломническая поездка, совершенная в 1900 году группой студентов и преподавателей во главе с владыкой Арсением в Палестину и страны Ближнего Востока. Итогом путешествия стала книга «В стране священных воспоминаний», редактированная и изданная им самим. В книге 60 фотографий, большую часть которых сделал епископ Арсений.
Архиерей
28 февраля 1899 года хиротонисан во епископа Волоколамского, третьего викария Московской митрополии, с оставлением в должности ректора академии.
Псковский владыка
С 1903 года — епископ Псковский и Порховский. Создал в епархии школу псаломщиков. Основал церковный музей, в котором хранились ценные рукописи, принадлежности богослужения и церковная утварь, древние монеты. Для научного исследования, сохранности и пополнения музейной коллекции был образован историко-археологический комитет, устав которого утвердил Св. Синод. Одной из главных задач комитета стала охрана памятников церковной старины.
С 1905 года — член Учебного комитета при Св. Синоде, в 1906—1907 годах — председатель этого комитета. Также с 1906 года — член Предсоборного Присутствия, председатель его пятого отдела: о реформе церковно-учебных заведений.
С 1907 года — архиепископ (31 января), член Государственного Совета от монашествующего духовенства.
Новгородский архиерей
С 5 ноября 1910 года — архиепископ Новгородский и Старорусский. Большое внимание уделял сохранению памятников церковной старины. Стал инициатором начала работ по реставрации собора Ферапонтова монастыря. Принял активное участие в XV Всероссийском археологическом съезде, который проходил в июле-августе 1911 года в Новгороде и выступил на нём с докладом «О современном состоянии собора Св. Софии в Новгороде». По его инициативе была осуществлена реставрация так называемого «Лихудовского» корпуса в Новгороде (там когда-то размещалось училище, в котором преподавали братья Лихуды). В отреставрированном здании разместилась открытая в 1911 году псаломщицкая школа. В 1912 году в Новгороде был торжественно открыт Арсеньевский епархиальный дом. В нём, кроме обширного зала для религиозно-нравственных чтений, разместились консистория, училищный и миссионерский советы, библиотека, иконно-книжная лавка, епархиальный церковно-исторический музей, редакция «Новгородских епархиальных ведомостей», гостиница для духовенства. В 1913 году в Новгороде по его инициативе открылось церковно-археологическое общество.
