«Просвещённый царевич»
Фёдор родился в Москве, сын Бориса Фёдоровича Годунова и его жены Марии Григорьевны, дочери Малюты Скуратова. Незадолго до рождения Фёдора его отец стал фактическим единовластным правителем государства. Очень рано, начиная с 1594—95 годов, почести, равные царским, стали оказываться и малолетнему Фёдору Борисовичу (он «писался» в грамотах рядом с отцом, его имя указывалось в церемониалах приёма послов, от его имени отправлялись дипломатические подарки). С. Ф. Платонов считает, что это возвышение было связано с кончиной малолетней царевны Феодосии Фёдоровны в 1594 году, после чего пресечение московских Рюриковичей стало делом решённым, и Борис стал готовить свою династию в преемники Фёдору Иоанновичу.
После вступления отца на престол (1598) Фёдор стал царевичем и наследником, принимал участие в торжественном вступлении отца в столицу 30 апреля. В 1599 году 10-летний царевич собственноручным письмом известил монахов Троице-Сергиева монастыря о болезни отца, который не смог к ним приехать. Привлекался к государственным обязанностям (уже в 9-летнем возрасте имел собственную государственную печать), регулярно заседал в Боярской думе, принимал послов, в том числе женихов сестры Ксении — Густава Шведского и Иоанна Датского, участвовал в судебной и благотворительной деятельности отца (в частности, во время голода в 1601—03 годов).
Воспитанием царевича руководил «дядька» Иван Чемоданов. Получил прекрасное образование, готовился отцом в «просвещённые государи»; сам Борис был грамотен, но никакого книжного образования не получил. Н. М. Карамзин называет его «первым плодом Европейского воспитания в России». Несмотря на это, оппозиция распускала в России и за рубежом слухи о болезненности и слабоумии наследника.
Невесты Фёдора
Георгий X дал присягу, однако царевну оставил у себя до следующего российского посольства; к этому времени Фёдора уже не было в живых.
Дальнейшая судьба самой царевны не известна.
Карта России
Царевич Фёдор вошёл в историю русской картографии: им или под его руководством была составлена одна из первых собственно русских карт России (карты, подготовленные иностранными специалистами, появились ещё в XVI веке). Она была издана в Амстердаме по рукописям в 1613 году видным картографом того времени Гесселем Герритсом. Издание 1613 года — библиографическая редкость; в 1614 году было выпущено второе издание, с поправками и дополнениями. Лист, отпечатанный Герритсом, включает также врезку с планом Москвы; относительно того, приписывать ли царевичу также и план столицы, мнения историков картографии расходятся.
Карта Фёдора Годунова составлена не по геодезическим данным и содержит искажения расстояний (например, участок течения Волги от Нижнего Новгорода до Казани растянут вдвое, а участок Киев—Путивль дан в полуторном масштабе; это, по-видимому, было связано с различной трактовкой в разных регионах единиц измерения, таких как верста, или, в случае с Волгой, просто малой известностью этого региона в то время). Тем не менее карта явилась большим вкладом в картографию России того времени.