Малолетний король
Когда умер Хильперик I, Хлотарю было всего 4 месяца. Брат покойного короля король Бургундии Гунтрамн предложил поддержку Фредегонде и её сыну, но вскоре рвение Гунтрамна охладил случай; он узнал, что двое вооружённых людей, посланных к нему его невесткой, намеревались его убить. Гунтрамн взял мальчика под свою опеку, но Фредегонде оставаться в Париже не позволил; королева была выслана в окрестности Руана.
В дальнейшем между Гунтрамном и королём Австразии Хильдебертом II был заключен договор (587 год), благодаря которому Хильдеберт, после смерти Гунтрамна (592 год), получил его королевство. После этого молодой Хильдеберт решил овладеть и Нейстрией. Но вернувшаяся к власти Фредегонда встала на защиту королевства своего сына. Она лично участвовала в сражениях, и хронисты, возмущавшиеся её злодействами; восхищаются её военными хитростями, которые помогли отразить нашествие австразийцев. В 593 году герцог Шампани Квинтрио вторгся с войском в королевство Хлотаря, но король и его воины выступили ему навстречу, и тот был вынужден бежать. Обе стороны понесли большие потери.
Войны с Теодебертом II и Теодорихом II
В 595 году Хильдеберт II умер, а его королевство было разделено между его двумя малолетними сыновьями Теодебертом II и Теодорихом II. Для Фредегонды сложилась благоприятная ситуация для того, чтобы вмешаться в дела Австразии и Бургундии. В 596 году Фредегонда и её сын, король Хлотарь, приняли во владение Париж и другие города, подвергавшиеся варварскому обращению со стороны австразийцев. Ведя войну с Теодорихом II и Теодебертом II, они послали войско, которое подошло к местечку под названием Лаффо около Суассона. Войска разбили лагеря друг против друга. Хлотарь и его воины первыми бросились на Теодориха и Теодеберта и учинили большую резню в рядах их армии.
В 597 году ушла из жизни Фредегонда. Она умерла в почете, властной королевой, в ореоле только что одержанных ею побед, и была погребена рядом с Хильпериком I в парижской церкви Сен-Жермен-де-Пре; даже надгробный камень её сохранился до наших дней. Хлотарю в то время исполнилось 13 лет.
В 600 году нейстрийцы потерпели поражение в битве на берегах реки Орвенны (Orvanne), около Дормеля (недалеко от совр. Монтро), от объединённых войск королей Австразии и Бургундии и Хлотарю пришлось подписать договор, согласно которому победители оставляли последнему лишь дюжину округов, ограниченных реками Уазой, Сеной и побережьем Ла-Манша. Теодеберт приобрёл северную часть королевства Нейстрия, а Теодорих — земли между Сеной и Луарой. В 605 году Хлотарь, ссылаясь на прежние договоренности, вторгся в королевство Теодориха, но не смог его покорить и был разбит при Этампе. В дальнейшем между королями Австразии и Бургундии наметился разлад, закончившийся тем, что Теодорих II в 612 году захватил Австразию и стал королём объединённого государства.