Родился в состоятельной еврейской семье в Штутгарте. В шестнадцатилетнем возрасте был вынужден оставить учёбу, чтобы пойти работать на заводе отца. После Первой мировой войны изучал в Мюнхенском университете философию и психологию, затем переехал во Франкфурт-на-Майне, где учился у Иоганна Корнелиуса. Там же встретился с Теодором Адорно, дав начало длительной дружбе и плодотворному сотрудничеству. В 1925 году защитил диссертацию, посвящённую Иммануилу Канту.
С 1930 был профессором (1930—1933 и 1949—1963), а впоследствии ректором (1951—1953) университета во Франкфурте-на-Майне. В 1930 году также стал директором Института социальных исследований, оставаясь им до 1965 года. Возглавляя Институт, Хоркхаймер способствовал развитию на его базе неомарксистской Франкфуртской школы. После прихода к власти нацистов покинул Германию, в 1934—1949 годах находился в эмиграции в США, где был профессором Колумбийского университета.
Издавал журнал «Zeitschrift fur Sozialforschung» («Журнал социальных исследований»; 1932—1941). После войны выступил с серией публикаций по исследованию национальных и расовых предрассудков («Studies in prejudice», v. 1—5, 1949—1950). Написанная Хоркхаймером совместно с Т. Адорно «Диалектика просвещения» (1947) явилась программным выражением философско-социологических идей Франкфуртской школы.
В развитой им т. н. критической теории общества Хоркхаймер пытался соединить почерпнутые у Карла Маркса мотивы критики буржуазного общества с идеями гегелевской диалектики и психоанализа Зигмунда Фрейда, а также этики Артура Шопенгауэра.
