Крестьянин, сын крепостного области Войска Донского. Грамоте обучал местный дьяк. Помещик Чернозубов сдал его в солдаты «на тридцать восьмом году жизни, по николаевским законам на двадцать пять лет». Оставив 4-х детей на попечение жены, Бондарев прослужил на Кавказе в 26 полку Кубанского войска 10 лет. Прославился большими познаниями в области литературы, комментировал главы «Путешествия из Петербурга в Москву» Радищева.
Считая, что другая религия защитит человека от произвола государства, Бондарев отказывается от православия и переходит в иудейство. Его лишили воинского звания, медали и заключили в Усть-Лабинскую тюрьму (1865-1867). В 1867 военносудная комиссия направляет Бондарева на вечное поселение в Сибирь. Енисейский губернатор определил ссыльного в деревню Иудино (ныне Бондарево), куда поселялись отступники от православия: дырники, молокане, иудеи и прочие. Единственный грамотный на всю деревню, Бондарев открыл школу для крестьянских детей и учительствовал в ней на протяжении 30 лет. Первым на месте поселения он стал заниматься орошением полей, выращиванием овощей, начал сплавлять избыток продуктов по рекам Абакану, Енисею на Север. Начиная с 1870-х, в письменном виде стал излагать свои мысли насчет обогащения российской казны и предложения по выходу народа из нищенского состояния. Написал трактат «Трудолюбие и тунеядство, или Торжество земледельца», созвучный идеям Льва Толстого. Ссыльный в B.C. Лебедев сумел переслать рукопись Б.Г Успенскому, который ссылался потом на неё в статье «Трудами рук своих» («Русское богатство. 1884. № 12). Ещё один экземпляр рукописи через основателя Минусинского краеведческого музея Н.М. Мартьянова переправили Л.Н. Толстому. Во всех 11 письмах, адресованных Бондареву, Л.Н. Толстой подчёркивал силу, ясность, красоту и искренность убеждений, важность основного труда крестьянского философа. Л. Толстой удалось напечатать основной труд Бондарева в России; в сокращённом виде он был опубликован в 1888 году в еженедельнике «Русское дело» (№№ 12 и 13) с послесловием Толстого, в 1890 году издан в переводах на французский и английский языки с его же предисловием, отдельное издание по-русски выпущено в 1906 году издательством «Посредник», но в 1908 году книга была конфискована, изъята из продажи и вновь стала доступной лишь в марте 1917 года. Основная мысль Бондарева состоит в том, что слова Книги Бытия (Бытие 3:16-19) о том, что человек будет в поте лица добывать свой хлеб, подразумевают непосредственное занятие крестьянским трудом как основное условие праведности. По словам самого Толстого (в трактате «Так что же нам делать?», гл. XXXVIII),
В 1958 году деревня, в которой жил и умер Бондарев (ныне находится на территории Бейского района Хакасии), была названа его именем, в 2005 году в ней был воздвигнут памятник Бондареву.
