Будучи в Османской империи в годы Первой мировой войны, он стал очевидцем геноцида армян, и, сделав сотни фотографий, пытался представить трагическую реальность немецкой общественности. Вегнер также обратился к президенту США Вудро Вильсону с просьбой помочь армянскому населению.
С 1933 года боролся против антисемитизма в нацистской Германии, подвергался гонениям.
