Родился в Вене 24 сентября 1772 года в семье французского дипломата при австрийском дворе. Образование получил в Берлине.
Прибыв во Францию в 1782 года для продолжения образования, он впоследствии поступил на службу в военное министерство, а в 1791 году стал в ряды батальона волонтёров департамента Мозель. Назначенный в 1793 году командиром этого батальона, Водонкур овладел городом Гомбургом и укреплёнными позициями у Карлсберга и Ландстуля. В сражении при Пирмасенсе, 14 сентября 1793 года, Водонкур получил шесть ран и был взят в плен, в котором пробыл до 1795 года.
Получив свободу, Водонкур отправился в Италию в армию Бонапарта и в 1800 году был уже полковником и командующим Цизальпинской артиллерией. Кампанию 1805 года он провёл под командованием Массены и отличился в сражениях при Бренте и Тальяменто.
В 1809 году Водонкур состоял в армии принца Евгения Богарне и, назначенный комендантом Рааба, успешно защищал этот город от эрцгерцога Иоганна и получил чин бригадного генерала и титул барона Итальянского королевства.
Сопровождая вице-короля Евгения во время похода в Россию, он при отступлении к Вильне попал в плен.
Вернувшись во Францию в 1814 году, Водонкур поступил на службу к Бурбонам, однако во время Ста дней перешёл на сторону Наполеона и получил звание дивизионного генерала и инспектора Эльзасской гвардии. В сражении при Меце оказал упорное сопротивление союзной армии, за что был заочно приговорен Людовиком XVIII к смертной казни.
В 1816 году Водонкур поселился в Мюнхене, где и прожил четыре года при принце Евгении.
Неаполитанская революция 1820 года дала ему надежду объединить Италию в одно королевство под скипетром принца Евгения. Он хотел склонить на свою сторону русский и пьемонтский дворы. В Турине Водонкур принял начальство над сардинской армией, но неудачное сражение одного из пьемонтских генералов при Новаре заставило Водонкура отказаться от своего предприятия, и ему пришлось бежать в Англию.
В 1825 году, благодаря амнистии, Водонкур вернулся в Париж. В дни июльской революции Водонкур руководил восставшими в кварталах Тюильри и Лувра.
Водонкур немало посвятил времени и летературно-историческим занятиям. Из его сочинений известны:
- Histoire des campagnes d’Ahhibal en Italie pendant la Deuxi?me Guerre Punique (Милан, 1812)
- M?moires pour servir ? l’histoire de la guerre entre la France et la Russie en в 1812; avec un atlas militaire, par un officer de l’?tat-major de l’arm?e fran?aise (Лондон, 1815)
- Histoire campagnes d’Italie en 1803 et 1804 avec un atlas militaire (Лондон, 1817)
- M?moires sur la campagne du vice-roy d’Italie en 1813 et en 1814 (Лондон, 1817)
- Histoire de la guerre de soutenue par les Fran?ais en Allemagne en 1813, avec un atlas militaire (Париж, 1819)
- Histoire campagnes de в 1814 et в 1815 en France (Париж, 1826)
- Histoire politique et militaire du prince Eugene viceroy d’Italie (Париж, 1827)
- Quinze ann?es d’un proscrit (Париж, 1835)
Кроме того, Водонкур был основателем «Журнала военных знаний».
Скончался 2 мая 1845 года в Пасси около Парижа.
